Schilddrüsen-Autoantikörper sind ein wichtiger Bestandteil in der Diagnostik der Autoimmunthyreopathien. Dabei spielen TPO-Ak und TSH-Rezeptor-Ak die dominante Rolle. TSH-Rezeptor-Ak findet man beim M. Basedow in über 90 % der Fälle. TPO-Ak überwiegen bei der Hashimoto-Thyreoiditis, sind aber auch bei der Mehrheit der Basedow-Patienten zu finden. Thyreoglobulin-Antikörper (Tg-Ak) werden als immunologisches Begleitphänomen gesehen, in Einzelfällen sind sie diagnostisch hilfreich.